La spectrométrie de masse MALDI-TOF : un outil de diagnostic pour l’identification et le typage des bactéries pathogènes des poissons

Résumé

Les méthodes d’identification des bactéries responsables d’épisodes infectieux chez les poissons reposent encore essentiellement sur des techniques traditionnelles, pas toujours discriminantes, comme l’histologie, la cytologie, la recherche de caractères phénotypiques et le sérotypage. Des méthodes moléculaires modernes (e.g., MLST, WGS) tendent à se substituer à ces approches classiques, mais restent le plus souvent, de par leur coût, leur débit et le temps requis, utilisées pour des études rétrospectives dans le cadre de travaux académiques. Pour adapter les traitements et prendre les mesures visant à contrôler un épisode infectieux, les aquaculteurs et les différentes parties prenantes (e.g., vétérinaires, Groupements de Défense Sanitaire Aquacole) ont besoin d’un diagnostic précis, rapide et, idéalement, peu onéreux de l’agent causal. La spectrométrie de masse à temps de vol par désorption laser assistée par matrice (MALDI-TOF MS) est une technique d’identification bactérienne largement répandue dans les laboratoires d’analyses de microbiologie médicale, qui tend à s’étendre aux laboratoires de diagnostic vétérinaire. Basée sur l’analyse directe de cultures bactériennes, la technique MALDI-TOF MS génère un spectre protéique qui est ensuite comparé à un ensemble de spectres de référence stockés dans une base de données. C’est une technique rapide, bon marché et qui se prête bien aux analyses à haut-débit. Cependant, les bases de données commerciales MALDI-TOF MS ne contiennent que peu d’espèces de bactéries pathogènes des poissons. D’autre part, l’identification est insuffisante pour répondre à des questions relevant de l’épidémiologie, dont la base est la caractérisation fine (typage) des isolats bactériens. Nous avons développé un schéma MALDI-TOF MS d’identification pour les espèces du genre Tenacibaculum et amélioré ses performances pour son utilisation comme outil épidémiologique de première ligne pour l’espèce T. maritimum, un redoutable agent pathogène des poissons marins. Cet article intègre des conseils issus de cette expérience et de recherches bibliographiques, afin de guider le lecteur pour le développement d’une telle approche.