Détection semi-automatique de cellules de fruits charnus observés par microscopie confocale 2D et 3D

Résumé

Les propriétés mécaniques et sensorielles des fruits charnus tels que la pomme ou la tomate sont étudiées en regard de la taille, de la forme, et de l’organisation spatiale des cellules des tissus constituant le fruit. La microscopie confocale permet d’observer les cellules en 2 ou 3 dimensions et l’analyse d’images offre des outils pour décrire la structure cellulaire en mesurant rapidement des paramètres morphologiques variés (taille, forme, orientation…) sur les cellules. Pour mesurer ces paramètres de manière automatique, il est d’abord nécessaire de détecter précisément l’emplacement des cellules et/ou leurs contours. La méthode proposée ici est une chaîne de traitements d’images dont l’objectif est d’identifier les cellules dans des images microscopiques 2D ou 3D. La chaîne de traitement se décompose en une procédure automatique de recollage des images pour agrandir le champ de vue, une étape de filtrage directionnel de l’image pour mettre en valeur les parois tout en réduisant le bruit, et une étape de segmentation qui délimite les contours de chaque cellule. Les différents traitements ont été implémentés sous la forme de fonctions Matlab. Afin de faciliter leur manipulation, des interfaces graphiques conviviales ont été créées. De plus, une attention particulière a été portée à l’automatisation des traitements, afin de traiter des collections d’images avec les mêmes paramètres.