Comment valider la méthode de RT-qPCR en détection SybrGreen? Application à l’analyse de la réponse transcriptomique de Campylobacter jejuni soumis à un stress

Résumé

L’analyse transcriptionnelle via l’utilisation de la technique de RT-qPCR (Reverse Transcription couplée à la PCR quantitative) demeure largement utilisée malgré l’essor grandissant des techniques de séquençage haut débit. La RT-qPCR permet de quantifier le niveau des ARN messagers de gènes cibles reflétant ainsi le niveau d’expression de ces gènes. Elle a de nombreuses applications qui requièrent une forte exigence lors de sa mise au point. Cette technique nécessite la validation, une à une des différentes étapes de la procédure et de nombreux tests sont à effectuer en amont de l’expérimentation ainsi que des points de contrôle au cours de l’expérimentation. L’objectif de ce travail a été de décrire les différents points de contrôle et de détailler des points de vigilance à respecter lors de l’utilisation de la RT-qPCR. Depuis l’extraction des acides nucléiques jusqu’à l’analyse des résultats finaux, la validation des différentes étapes a démontré une méthode robuste et fiable pour la publication des travaux menés sur la réponse transcriptomique chez le pathogène bactérien Campylobacter jejuni soumis à un stress thermique.