Phénotypages de la résistance du blé dur au Wheat Spindle Streak Mosaic Virus

Abstract

Nous avons pu développer ou adapter différentes méthodologies de quantification du Wheat Spindle Streak Mosaic Virus afin de disposer avec nos partenaires et collaborateurs, ARVALIS Institut du végétal6 et le GEVES7, d’outils de phénotypage de la résistance du blé dur Triticum turgidum durum au Wheat Spindle Streak
Mosaic Virus (WSSMV). Ce phénotypage consiste à quantifier le virus dans les plantes exposées à l’infection au champ, afin d’identifier les génotypes résistants, c’est-à-dire ceux dont les feuilles ont une charge virale faible ou nulle. Ces éléments contribuent à la création de variétés résistantes, seul moyen de lutte contre l’extension de cette mosaïque transmise par un vecteur du sol Polymyxa graminis qui compromet à court terme la culture du blé dur et l’approvisionnement des filières qui en dépendent. Nous présentons ici et comparons trois méthodes de phénotypage de la résistance du blé dur au WSSMV : DAS-ELISA (double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay), PCR (polymerase chain reaction) et qPCR (quantitative polymerase chain reaction). Ces méthodes quantifient la charge virale avec des seuils de sensibilité et des contraintes différentes concernant l’état et la conservation du matériel prélevé, le coût et l’appareillage requis, le maniement d’effectifs de l’ordre de plusieurs centaines d’individus. Les évaluations ELISA et PCR sont rapprochées des notations visuelles pratiquées sur le terrain. L’exposé est illustré par des exemples de résultats des traitements par le logiciel R des données de densités optiques obtenues en ELISA et des nombres de copies virales obtenus en PCR quantitative. Ces résultats de phénotypage sont actuellement utilisés pour la recherche des régions génomiques de la plante susceptibles d’intervenir dans la résistance (QTLs (quantitative trait loci) de résistance).