Un outil au service de la standardisation des bases de données: les ontologies ATOL/EOL

Abstract

Pour pouvoir traiter en masse les données phénotypiques issues de différentes expérimentations animales et différents sites d’élevages, il devient indispensable de rendre les bases de données interopérables en standardisant la dénomination des variables à l’aide de référentiels univoques et partagés par l’ensemble des utilisateurs (généticiens, physiologistes, biochimistes, modélisateurs, responsables de sites expérimentaux, animaliers, producteurs…). De tels référentiels ont été mis en place par l’INRA, en collaboration avec des partenaires nationaux et internationaux, sous la forme des ontologies ATOL (animal trait ontology for livestock) et EOL (environnement ontology for livestock). Leur contenu, leur structuration et leur utilisation, ainsi que les ambitions qu’elles suscitent sont rapidement évoqués dans le présent article.