Gestion du stockage des échantillons: Évaluer l'effet du temps et de la méthode de conservation du matériel végétal sur la quantité et la qualité de l'ADN extrait

Résumé

L’URFM stocke plus de 40 000 échantillons végétaux soit à -20 °C soit à température ambiante après déshydratation. Le projet présenté dans cet article avait pour but d’évaluer la quantité et la qualité de l’ADN obtenu à partir d’échantillons de quatre espèces d’arbres méditerranéens faisant l’objet de recherches récurrentes à l’URFM : trois conifères (le pin de Salzman, le sapin pectiné et le cèdre de l’Atlas) et un feuillu (le hêtre commun). L’hypothèse retenue est que la durée de conservation a un effet sur la qualité du matériel génétique ; nous n’avions aucun a priori sur l’effet de la méthode de conservation. Pour mesurer la qualité de l’ADN, nous avons effectué des analyses de génotypage et de séquençage couramment utilisées au laboratoire. Nos résultats montrent une variation entre les quatre espèces étudiées, en fonction du mode et de la durée de conservation, sur la quantité et la qualité de l’ADN. De plus, nous avons montré que les échantillons conservés sur la plus longue période ou avec la méthode la plus basique (à sec) présentent une bonne qualité d’ADN contrairement a des échantillons plus récents.