Utilisation d’un Système d’Information Géographique pour représenter la distribution spatiale de composés chimiques ou organiques selon le type de compartiments d’un organisme. Exemple de la répartition de la concentration de glucides non structuraux dans un arbre

Résumé

La gestion de données spatiales et leur représentation géographique s’est énormément développée grâce à l’essor des Systèmes d’Informations Géographiques (SIG). Cet article propose d’utiliser les fonctionnalités de ces outils pour créer une illustration afin de représenter spatialement l’intensité d’un processus ou la distribution d’un composé au sein d’un organisme vivant (comme par exemple les parties aériennes et souterraines, organes d’âges différents …). Cette tâche n’est pas aisée car aucun outil spécifique n’est disponible. Cet article présente une méthode reposant sur le logiciel SIG ArcGIS et les librairies SIG de R pour réaliser cette représentation d’information à l’aide d’une couche d’information de type vecteur (découpage en entités distinctes qui s’oppose au type raster qui représente l’espace dans un maillage régulier). Techniquement, la démarche proposée consiste 1) à utiliser un SIG (ArcGIS) pour vectoriser une image représentant l’organisme, puis 2) produire une illustration à partir de la couche vecteur créée selon le découpage souhaité. Plus particulièrement, l’image choisie pour représenter l’organisme étudié est vectorisée en objets de type polygone correspondant à des compartiments d’intérêt de l’organisme. Enfin la représentation de l’intensité du phénomène selon les différents compartiments est accomplie à l’aide de deux logiciels, ArcGIS et les librairies SIG du logiciel libre de statistique R. Ce deuxième présente l’avantage, une fois le fichier de forme créé, de pouvoir être implémenté dans un script d’analyse de données R, logiciel utilisé couramment dans la communauté scientifique. Cette seconde approche a permis, dans l’exemple présenté dans cet article, de représenter la répartition des concentrations en azote ou en réserves glucidiques dans les différents compartiments d’un hêtre à différentes dates et soumis à des traitements contrastés